Болотная черепаха имеет близкий к овальному невысокий карапакс, при взгляде сверху видно, что его ширина в задней части несколько шире, чем в передней.
Крупные черепахи имеют длину карапакса 20 см и более. Поскольку главная среда обитания этой черепахи — вода, щитки карапакса хорошо подогнаны друг к другу, и карапакс и пластрон обтекаемы, не имеют выступов. Ноги имеют крупные когти, между пальцами небольшие перепонки. Когти болотной черепахи помогают разрывать добычу на части, могут существенно оцарапать и руку. Хвост у этой черепахи относительно длинный, до 12см (до 3/4 длины панциря) и во время плавания участвует как дополнительный руль на поворотах (основное руление выполняют ноги) и как противовес, удерживающий черепаху в нужном положении при маневрах. Карапакс обычно темно-оливковый, темно-зеленый, иногда почти черный, пластрон светлый, желтоватый. Панцирь, голова, шея, ноги усеяны мелкими светлыми пятнами. Часто у самцов красноватые глаза, а у самок — желтые. Хвосты самцов длиннее, чем у самок.